De verwerkingsfaciliteiten van Cargill België, in de havens van Gent en Antwerpen, persen bonen en zaden tot ruwe olie, die dan verder geraffineerd wordt, alsook gebruikt wordt als proteïnemeel voor verwerking in samengestelde dierenvoeding.
Cargill beheert ook twee biodieselfabrieken. Bioro NV neemt ruwe oliën, ook deze die geproduceerd worden door de vestiging in Gent, en verwerkt deze tot biodiesel. De geïntegreerde site in Gent is het enige complex in België dat in staat is om de volledige biodieselproductiecyclus uit te voeren – van grondstofverwerking tot afgewerkt product – op één enkele locatie. Deze bedient klanten in België, Frankrijk, Duitsland, Italië, Nederland en Spanje. De tweede biodieselfaciliteit, de Biodieselfabriek in Frankfurt, bevindt zich in het industriepark Höchst.